继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
大卫·杜楚尼 吉莲·安德森 罗伯特·帕特里克 米彻·佩勒吉 小詹姆斯·皮肯斯 汤姆·布莱德伍德 迪恩·哈格鲁德 布鲁斯·哈伍德 克里克·B·R·沃勒尔 杰夫·高尓克
大卫·杜楚尼 吉莲·安德森 米彻·佩勒吉 劳伦·艾波罗丝 罗比·阿梅尔 威廉·B·戴维斯 安娜贝丝·吉什 卡琳·考诺娃 芭芭拉·赫希 克里斯·欧文斯 安贾莉·杰 A·C·彼得森
大卫·杜楚尼 吉莲·安德森 米彻·佩勒吉 雷蒙德·J·巴里 威廉·B·戴维斯 莱斯利·卡尔森 富尔·切切里
梅尔·布鲁克斯 乔什·加德 塞斯·罗根 塔伊加·维迪提 大卫·杜楚尼 大卫·斯塔森 莎姬·贝兹 德芙·卡梅隆 尼克·罗宾森 约翰尼·诺克斯维尔 帕梅拉·阿德龙 泰勒·詹姆斯·威廉姆 劳伦·拉普库斯 丹尼·德维托 库梅尔·南贾尼 杰克·约翰逊 艾米丽·拉塔科斯基 钱信伊 杰克·麦克布瑞尔 萨拉·西尔弗曼 扎恩·迈克拉农 杰森·曼楚克斯 理查德·坎德 山姆·理查森 安德鲁·兰内斯 肯·马里诺 杰·埃利斯 蒂莫西·西蒙斯 吉莉恩·贝尔 贵美子·格伦 乔·洛·特鲁格里奥 查尔斯·梅尔顿 罗伯·考德瑞 詹妮弗·路易
大卫·杜楚尼 吉莲·安德森 米彻·佩勒吉 汤姆·布莱德伍德 威廉·B·戴维斯 布鲁斯·哈伍德 迪恩·哈格鲁德 尼古拉斯·李 杰里·哈德因
大卫·杜楚尼 吉莲·安德森 威廉·B·戴维斯 克里斯·欧文斯 米彻·佩勒吉 米密·罗杰斯 杰夫·高尓克 小詹姆斯·皮肯斯 亚瑟·塔谢尔 温蒂·马力克
杰克·怀特霍尔 大卫·杜楚尼 卡里斯·范·侯登 菲尼克斯·拉罗什 拉扎·杰夫里 克里斯蒂尼·亚当斯 菲尼克斯·杰克逊·门多萨 安娜·肖 格洛里亚·加西亚 莱夫特里斯·察察西斯 玛丽娜·阿吉罗普卢 桥格斯·卡拉米霍斯 迪米特里斯·基索斯 朱莉安娜·亚兹贝克 朱莉娅·威斯科特-哈顿 阿纳托利·格里戈里亚杜 德斯波伊娜·拉夫达 克里斯·莱恩 布里奥妮·斯嘉丽 西蒙·肖滕
吉莲·安德森 大卫·杜楚尼 安娜贝丝·吉什 罗伯特·帕特里克 米彻·佩勒吉 威廉·B·戴维斯 阿兰·戴尔 杰夫·高尓克 达寇塔·豪斯 莫里斯·潘迟 乔尔·麦克哈尔
大卫·杜楚尼 吉莲·安德森 米彻·佩勒吉 彼得·多纳特 弗洛伊德·怀斯特曼 美琳达·麦格劳 尼古拉斯·李 威廉·B·戴维斯 约翰·内威尔 汤姆·布莱德伍德 杰里·哈德因 达寇塔·豪斯
大卫·杜楚尼 吉莲·安德森 米彻·佩勒吉 威廉·B·戴维斯 布莱恩·汤普森 史蒂文·威廉姆斯 劳瑞·侯登 莫里斯·潘迟 布雷丹·贝塞尔
大卫·杜楚尼 吉莲·安德森 米彻·佩勒吉 米密·罗杰斯 迈克尔·英塞恩 康拉德·罗伯茨 约翰·芬 阿卜杜拉耶·恩戈姆
Jared Padalecki Jensen Ackles
吉莲·安德森 罗伯特·帕特里克 安娜贝丝·吉什 米彻·佩勒吉 小詹姆斯·皮肯斯 露西·劳莱丝 布鲁斯·哈伍德 汤姆·布莱德伍德 迪恩·哈格鲁德 加利·艾尔维斯
索尼夸·马丁-格林 道格·琼斯 安东尼·拉普 玛丽·怀斯曼 艾米莉·库茨 奥因·奥拉德乔 萨拉米切 威尔逊·克鲁兹
杰里米·克拉克森 凯勒布·库珀 杰拉德·库珀 丽莎·霍根 查理·爱尔兰
詹姆斯·诺顿 尼古拉·科斯特-瓦尔道 艾米丽·比查姆 克蕾曼丝·波西 埃迪·马森 奥利弗·马苏奇 索尔斯坦·巴赫曼 卢瑟·福特 卡伦姆·西维耶 奥斯吉尔·古纳尔松 杰森·福布斯 Elander Moore Sveinn Geirsson Björgvin Franz Gíslason 伊内斯·霍伊塞特·艾瑟森 Tommi Thor Gudmundsson Daniel Hans Erlendsson Andre Vonport Louise Kim Salter Anthony Bacigalupo
妮可拉·沃克 杰米·西弗斯 欧韦尔利·罗奇 西尔维·弗诺 梁佩诗 保罗·麦甘恩 Martin Bell Andy Clark Kirsty Strain 肖娜·麦休 莫约·阿坎德 金·艾伦 克里斯托弗·迪恩 梅尔·拉多 Caroline Guthrie Christy O'Donnell Gavin Jon Wright Saskia Ashdown Apollo Konstantine Hannah Donaldson
D·J·科特罗纳 赞恩·霍尔茨 Samantha Esteban Todd A. Johnston 杰克·布塞 麦蒂森·达文波特 Robert Patrick Eiza González
里卡多·达林 卡拉·彼德森 凯撒·特龙科索 马塞洛·索比奥托 Andrea Pietra Ariel Staltari Claudio Martínez Bel Mora Fisz Orianna Cárdenas Luis-ko Sergio Gabriel D'Angelo
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贾斯蒂恩·瓦戴尔 比尔·帕特森 弗兰西丝卡·安妮丝 凯莉·霍威 裴淳华 安东尼·豪威尔 芭芭拉·弗林
露西·法朱得 弗拉维安·迪朗 Sohan Pague 露易丝·马莱可 昆汀·纳努 Ayumi Roux Alain Bouzigues
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